الکترودیالیز معکوس (EDR) نوعی از فرآیند ED است که به همان روش کار می کند، با این تفاوت که قطبیت برق DC دو تا چهار بار در ساعت معکوس می شود. هنگامی که قطبیت معکوس می شود، سل های آب شیرین و کنسانتره معکوس می شوند و همچنین واکنش های شیمیایی در الکترودها نیز تغییر می کند. این معکوس شدن قطبیت به تمیز کردن سطح غشاها از رسوب انباشته شده کمک می کند.